All'inizio degli anni '80 le nuove leggi sulla sicurezza nei locali pubblici per lo spettacolo imposero radicali trasformazioni alla Sala Accademica, e determinarono lo spostamento della stagione da camera all'Auditorio Pio. Ma anche la sala di Via della Conciliazione necessitava di radicali interventi per migliorarne l'acustica. La sala rinnovata venne inaugurata nell'ottobre 1994, con un concerto sinfonico diretto da Carlo Maria Giulini.
Nel frattempo a partire dal 1992, era stato bandito il concorso per il nuovo Auditorio, destinato a sorgere nell'area compresa fra le propaggini dei Parioli e il Villaggio Olimpico. Il progetto di Renzo Piano risultò vincitore, e i lavori vennero avviati nel 1995. Il 21 aprile del 2002 vennero aperte al pubblico la Sala Sinopoli - destinata alla stagione da camera - e la Sala piccola, in seguito intitolata a Goffredo Petrassi. La Sala Santa Cecilia venne invece inaugurata nel dicembre dello stesso anno. In questi anni la stagione estiva si svolse fino al 1990 al Campidoglio, dal 1991 a Villa Giulia e infine per due anni alle Terme di Caracalla. Inoltre a partire dagli anni '90 l'Accademia ha avviato speciali stagioni - "Concerti matinées al Teatro Valle", "Santa Cecilia per i bambini" - confluite poi nell'attuale rassegna "Tutti a Santa Cecilia!".
