Il distacco di alcuni stucchi dal soffitto del Teatro Argentina verificatosi nella primavera-estate del 1958 consigliò di spostare temporaneamente i concerti sinfonici dell'Accademia in un'altra sede, per consentire i necessari restauri dello storico teatro. Fu così che l'Accademia di Santa Cecilia si trasferì nell'Auditorio Pio di via della Conciliazione, costruito su progetto dell'architetto Marcello Piacentini a partire dagli anni '40, ma concluso solo per l'anno santo del 1950.
La sala, capace di circa 2.000 posti, era stata concepita per le udienze pubbliche papali, e non aveva un'acustica particolarmente adatta ai concerti sinfonici, tuttavia divenne la sede stabile dei concerti ceciliani per quasi 50 anni. In questo stesso periodo la stagione cameristica si svolse nella Sala Accademica mentre la stagione estiva dal 1958 al 1960 si svolse allo Stadio di Domiziano sul Palatino, per poi tornare dal 1961 al 1979 alla Basilica di Massenzio, poi nel 1980 al Parco dei daini a Villa Borghese e dal 1981 a Piazza del Campidoglio. Nel 1971 ebbe fine la tradizione della numerazione progressiva dei concerti, che al termine della stagione avevano raggiunto il numero 5431; una tradizione che l'Accademia intende recuperare per gli anni a venire.
