Prima della costruzione della Sala Accademica, i concerti organizzati dall'Accademia subito dopo l'unità d'Italia si svolsero alla Sala Dante, e per breve tempo anche nella cappella sconsacrata del Convento delle Orsoline di Via Vittoria. La Sala Accademica venne costruita fra il 1886 e il 1894, su progetto dell'architetto Pompeo Coltellacci, e all'epoca poteva contenere circa 1.200 spettatori.
Il palcoscenico poteva ospitare un'orchestra di 70 elementi e un coro di 130, ed era dotato di un organo di fabbricazione tedesca, della ditta Walcker & Co di Ludwigsburg, con 31 registri, 3 manuali e pedaliera cromatica. La sala venne inaugurata con un concerto di musiche di Palestrina interpretate dal coro dell'Accademia diretto da Raffaele Terziani il 2 febbraio 1895, data che per convenzione l'Accademia considera come fondazione delle proprie regolari stagioni di concerti. Tali stagioni ebbero nuovo impulso sotto la guida del nuovo presidente conte Enrico di San Martino e Valperga, eletto nel dicembre del 1895 dopo la scomparsa di Ruggero Bonghi. Nel 1907 Gustav Mahler, in occasione della sua prima venuta a Roma, diresse due concerti nella Sala Accademica, con musiche di Beethoven, Wagner, Berlioz, Weber e Cajkovskij.
Nel corso di interventi successivi la sala ha subito alcune modifiche, con l'abolizione del palco reale e la creazione dell'attuale galleria, ma nel complesso mantiene quasi inalterato il suo aspetto originale in stile neo-rinascimentale, sul modello di altre coeve e storiche sale da concerto europee, come per esempio il Musikverein di Vienna. Dal 1895 l'Accademia inaugurò l'uso di una numerazione progressiva dei propri concerti, uso che è rimasto in vigore fino al 1971; fra il febbraio 1895 e il maggio 1909 sull'Annuario dell'Accademia sono registrati 206 concerti fra sinfonici e da camera.
